大足石刻研究院（大足石刻博物馆）为重庆市文化和旅游发展委员会（重庆市文物局）所属副厅级公益二类事业单位，委托大足区管理，其主要职责是承担大足石刻保护、研究、管理和合理利用等具体事务性工作，系大足石刻保护管理机构。
大足石刻研究院内设18个正处级机构，分别是办公室、组织人事处（纪检室）、计划财务处、科研管理处、安全保卫处、规划建设处、保护技术研究中心、保护工程中心、监测中心、文物数字化研究中心、大足学研究中心、考古研究中心、宣传推广中心、文化创意研究和产业发展中心、陈列展览中心、数字展示和接待中心、宝顶山石刻管理中心、北山石刻管理中心；核定事业编制165名，现有在编人员143人，拥有享受国务院政府特殊津贴专家2名、高级职称人员33名、中级职称人员38名，博士研究生7名、硕士研究生36名；现有博士后科研工作站1个（大足石刻研究院博士后科研工作站）、市级专家工作室2个（全国劳模黎方银创新工作室、陈卉丽石质文物保护修复首席技能专家工作室）、市级科研平台2个（重庆市人文社会科学重点研究基地、大足石刻研究院南方石质文物保护研究中心）。
主持全面工作。
主持党委工作。负责全面从严治党工作。联系相关重点工作。
负责科研管理、大足学研究、考古、《大足石刻研究》编辑部日常管理、外事等工作。
分管科研管理处、大足学研究中心、考古研究中心、《大足石刻研究》编辑部。
负责行政事务、党建、意识形态、组织人事、目标管理、保密、档案、文物保护、遗产监测、统战群团及退休老龄、人大议案及政协提案办理、乡村振兴、创文等工作。
分管办公室、组织人事处、保护技术研究中心、保护工程中心、监测中心。
负责计划财务、审计、统计、传承弘扬、旅游管理、宣传推广、志愿服务、基地建设管理等工作。
分管计划财务处、宣传推广中心、数字展示和接待中心、宝顶山石刻管理中心、北山石刻管理中心。
负责纪检等工作。
分管纪检室。
负责文物安全、文物管理、安全生产、信访稳定、法治建设、规划建设、生态环保、数字重庆、网络安全以及文化创意、产业发展、陈列展览、博物馆公共文化服务等工作。
分管安全保卫处、规划建设处、文物数字化研究中心、文化创意研究和产业发展中心、陈列展览中心。
